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1、遗传因素：在发育过程中遗传因素决定着各种遗传性状，表现在不同种族、家族中个体体格发育差异，如身材高低，发育迟早等均与遗传有关。遗传因素通过酶的活性及内分泌功能调节小儿生长发育。
    2、饮食原因：营养严重失衡导致矮小症病因。孩子的生长发育需要蛋白质、脂肪、碳水化合物等各种营养元素。可80%以上的孩子存在营养摄入严重失衡的情况。饮食结构失衡必然导致钙、铁、锌等促进儿童生长发育的营养元素摄入不足。久而久之就会让孩子出现矮胖身材、发育不良等情况。
    3、内分泌：睡眠不足是容易引发矮小症病因。因为缺乏良好的休息，将严重抑制孩子体内生长激素的分泌。晚上10时是孩子生长激素分泌最旺盛的时候，而现在的年轻父母往往看电视或在外应酬影响了孩子的睡眠。
    4、疾病：任何引起生理功能紊乱的急慢性疾病对小儿生长发育都会产生直接影响，影响程度不同取决于病变部位、病程长短、病变严重程度及患病年龄。年龄越小、病程越长影响越大。